ミステリーファイル 
全部で250(0～249)。
- 追想編および崩壊編のリザルトで入手、更新される
- 入手：究明編のミステリーファイル*1でファイルの1番目の情報が閲覧できるようになる
- 更新：ファイルの2番目以降の情報が追加される。入手していないファイルも更新されるが入手するまで閲覧できない
- 一部の項目は開放にミステリーポイントが必要（各1ポイント80ファイル）
バージョン1.04でNo.249も開放が必要となった。PS版ではNo.249は0ポイントで開放できる - ミステリーポイントは崩壊編で入手する
- 累計スコアがNEXT到達する毎に1ポイント入手。NEXTはターミナル機能強化画面の右下のミステリーポイントの上、スコアの下に表示されている*2
- 崩壊編エリア1～3の各WAVE初回クリア時に1ポイント入手。入手可能なステージは全30ステージで計30ポイント入手できる
- ミステリーファイルを全て開放するために必要なポイントは80で、初回クリアの30ポイントに加え50ポイント入手するには12,305,000の累計スコアが必要
- ミステリーファイルを全て開放すると、余ったミステリーポイントは戦闘のリザルトでメタチップへ変換されるようになる。開放不要なファイルであれば入手していないファイルがあってもよい
ミステリーファイルを全て開放するには鞍部100%,冬坂85%,薬師寺85%,関ヶ原14%,郷登14%,南62%,三浦37%,比治山57%*3,緒方62%,如月25～37%*4,網口71%,鷹宮57%,東雲100%,崩壊編71%,の進行率が必要
バージョン1.04でエンディング後に入手するNo.249も開放が必要となった。これによりエンディングまでミステリーポイントのメタチップ変換ができなくなった
バージョン1.03以前でメタチップへ変換できていた場合もバージョン1.04にアップデートするとNo.249を開放するまでメタチップに変換されずにミステリーポイントが貯まるようになる
- ミステリーポイントのメタチップ変換規則
- デフォルトでミステリーポイント1Pにつき1000メタチップに変換。入手したミステリーポイントの数で＋100メタチップ。ミステリーファイルを開いた50ポイント分も計算に含まれる。
- 全てのミステリーファイルを開いた時点で所持ミステリーポイントが50だった場合、ミステリーポイントの入手数は50＋50で合計100。ミステリーポイントのメタチップへの変換量は（1000＋100×100）×50となる。
- 全てのミステリーファイルを開放していると自動的にメタチップに変換されるが、あえて未開放のファイルを残しミステリーポイントを貯めることで、1ミステリーポイントあたりのメタチップ変換量を増やす事ができる
- ミステリーポイント50だった場合上記のように1Pあたり11000×50だが、100Pまで貯めてから変換すると16000×100。50ポイント分において、（16000-11000）×50の差が生じる。
- 同じミステリーポイント数を即変換と貯めて変換を比較した場合、メタチップ取得量は理論上約2倍の差が生じる事になる。
- ただしミステリーポイントは任意に貯めるという事ができず、貯め続ける事しかできないので機体強化に使えるメタチップは著しく少なくなる。この方法は茨の道。
- と思ってチップ変換規則の筆者が実践してみたところ、ミステリーポイントは「999」でカンストだったため、999までしか上記方法はできません。なお、999は住礼区4－230あたりで達成。余分に入手できるチップは1億弱程度。
- No249を開けずにポイントを貯め、999Pでまとめて変換した所、(6000+100×999(＝105,900))×999＝105,794,100になりました。しかしメニュー画面に戻ると倍の211,588,200+元の残金+数万に爆増してました。謎です…
No. ファイル名 開放Pt 入手ルート 000 ミステリーファイル - 鞍部十郎「プロローグEND」*5 001 鞍部 十郎 - 冬坂五百里「プロローグEND」 002 和泉 十郎(西暦2188年) - 鞍部十郎 「クラベジュウロウ」 003 冬坂 五百里 - 冬坂五百里「プロローグEND」 004 森村 千尋(西暦2188年) - 三浦慶太郎 「遺言」 005 薬師寺 恵 - 薬師寺恵「プロローグEND」 006 薬師寺 恵(西暦2188年) - 鞍部十郎 「クラベジュウロウ」 007 関ヶ原 瑛 - 関ヶ原瑛「プロローグEND」 008 関ヶ原 瑛(西暦2188年) - 関ヶ原瑛 「遺されたメッセージ」 009 郷登 蓮也 - 郷登蓮也 「プロローグEND」 010 郷登 蓮也(西暦2188年) - 郷登蓮也 「プロローグEND」 011 南 奈津乃 - 南奈津乃「プロローグEND」 012 南 奈津乃(西暦2188年) - 三浦慶太郎 「我々ハ何処カラ来タカ」 013 三浦 慶太郎 - 三浦慶太郎 「プロローグEND」 014 三浦 慶太郎(西暦2188年) - 三浦慶太郎 「我々ハ何処カラ来タカ」 015 比治山 隆俊 - 比治山隆俊「プロローグEND」 016 比治山 隆俊(西暦2188年) - 比治山隆俊 「皆を守る人生たれ」 017 緒方 稔二 - 緒方稔二 「プロローグEND」 018 緒方 稔二(西暦2188年) - 南奈津乃 「アイデンティティ」 019 如月兎美 - 如月兎美 「プロローグEND」 020 如月兎美(西暦2188年) - 如月兎美 「テラフォーミング」 021 網口 愁 - 網口愁「プロローグEND」 022 井田鉄也(西暦2188年) - エンディング 023 鷹宮 由貴 - 鷹宮由貴 「プロローグEND」 024 鷹宮 由貴(西暦2188年) - 三浦慶太郎 「我々ハ何処カラ来タカ」 025 東雲 諒子 - 東雲諒子 「プロローグEND」 026 東雲 諒子(西暦2188年) - 鷹宮由貴 「怪しいクスリ」 027 沖野 司 1 比治山隆俊「プロローグEND」 028 沖野 司(西暦2188年) 1 比治山隆俊 「皆を守る人生たれ」 029 堂路 桐子 1 三浦慶太郎 「プロローグEND」 030 沖野 司(2周前) - エンディング 031 相葉 絵理花 1 鷹宮由貴 「赤眼鏡の女」 032 鞍部 玉緒(西暦2188年) 1 三浦慶太郎 「存ルハズノナイ家」 033 鞍部 玉緒(1945年) 1 三浦慶太郎 「プロローグEND」 034 鞍部 玉緒(1周前) - エンディング 035 鞍部 玉緒(1985年) 1 三浦慶太郎 「プロローグEND」 036 千尋 1 三浦慶太郎 「プロローグEND」 037 森村先生 1 鞍部十郎「プロローグEND」 038 森村先生に似た女性 1 網口愁「プロローグEND」 039 柴久太 1 鞍部十郎「プロローグEND」 040 しっぽ 1 薬師寺恵 「それでもやるのよ」 041 慎太郎 1 比治山隆俊 「焼きそばパンの君」 042 BJ 1 南奈津乃「プロローグEND」 043 井田 鉄也 1 東雲諒子 「プロローグEND」 044 沢渡 美和子 - WAVE1-6 ミッション報酬 045 因幡 深雪 - WAVE1-10 ミッション報酬 046 輪島 武美 - WAVE2-4 ミッション報酬 047 和泉 十郎(2周前) - エンディング 048 鞍部十郎に似た男性 1 鞍部十郎 「エイガ」 049 426 1 東雲諒子 「プロローグEND」 050 尾西 平三 1 冬坂五百里 「恋が走り出す」 051 堂路博士 1 三浦慶太郎 「プロローグEND」 052 鷹宮 平太 1 鷹宮由貴 「プロローグEND」 053 陸上部員 1 南奈津乃「プロローグEND」 054 黒服 1 南奈津乃 「幼なじみはMIB」 055 輪島の子分たち - WAVE1-8 ミッション報酬 056 警察官 1 鷹宮由貴 「搭乗者の紋」 057 緒方 憲吾 - 郷登蓮也 「証明終了」 058 ゲート 1 東雲諒子 「プロローグEND」 059 ドロイド 1 東雲諒子 「プロローグEND」 060 如月ドロイド 1 網口愁 「蘇る亡霊」 061 玉緒ドロイド 1 網口愁 「ココロとカラダ」 062 フェイザー銃 - WAVE3-5 ミッション報酬 063 魔法の銃 1 薬師寺恵 「それでもやるのよ」 064 薬 1 東雲諒子 「私の14番機兵」 065 ドローンの頭脳 1 南奈津乃 「アイデンティティ」 066 通信機 - WAVE2-9 ミッション報酬 067 ヘッドギア 1 緒方稔二 「制御」 068 アンプル 1 東雲諒子 「森村を信じるな」 069 自動工場 - WAVE2-5 ミッション報酬 070 インナーロシター - WAVE2-2 ミッション報酬 071 タイムトラベル 1 南奈津乃「プロローグEND」 072 イージスシステム - 郷登蓮也 「プロローグEND」 073 イージス作戦 - 関ヶ原瑛 「イージス・システム」 074 DD426 1 東雲諒子 「白日」 075 ダイモスコード 1 薬師寺恵「プロローグEND」 076 適合者 - 郷登蓮也 「プロローグEND」 077 制御鍵 1 緒方稔二 「制御」 078 ループ - 関ヶ原瑛 「遺されたメッセージ」 079 テラフォーミング - 如月兎美 「テラフォーミング」 080 探査機 - 郷登蓮也 「クローン」 081 探査機の繁殖 - エンディング 082 機兵 - WAVE1-1 Sランク報酬 083 第一世代機兵 - WAVE1-2 Sランク報酬 084 第二世代機兵 - WAVE1-6 Sランク報酬 085 第三世代機兵 - WAVE1-9 Sランク報酬 086 第四世代機兵 - WAVE2-2 Sランク報酬 087 コクピット - WAVE1-4 Sランク報酬 088 98式二脚車両 - WAVE3-10 Sランク報酬 089 デモリッシュブレード - WAVE3-5 Sランク報酬 090 リープアタック - エンディング 091 ラッシュ - WAVE3-2 Sランク報酬 092 E.M.P.アトラクター - エンディング 093 対空防衛フレア - エンディング 094 対地マルチロックミサイル - エンディング 095 リミッター解除 - エンディング 096 タックル - エンディング 097 ディフェンスモード - エンディング 098 E.M.P.サラウンディング - エンディング 099 ヘビーナックル - エンディング 100 腕部マシンキャノン - エンディング 101 多連装ロケット砲 - WAVE2-3 Sランク報酬 102 対地貫通ロケット砲 - エンディング 103 ジャマーロケット砲 - エンディング 104 ガーディアン - WAVE3-7 Sランク報酬 105 ガーディアン・アベンジャー - エンディング 106 リペアエミッター - WAVE3-8 Sランク報酬 107 シールドエミッター - エンディング 108 セントリーガン - WAVE3-4 Sランク報酬 109 プラズマアーク溶断機 - エンディング 110 胸部6連装速射砲 - エンディング 111 長距離ミサイル - エンディング 112 対地ハンターミサイル - エンディング 113 追尾ミサイル - エンディング 114 対空爆撃 - エンディング 115 ミサイルレイン - エンディング 116 超大型ミサイル - WAVE3-9 Sランク報酬 117 主砲ヘビーレールガン - エンディング 118 主砲メガレールガン - エンディング 119 スタンナックル - エンディング 120 E.M.P.スタナー - エンディング 121 腕部パルスレーザー - WAVE2-9 Sランク報酬 122 腕部収束レーザー - エンディング 123 フレアトーピード - エンディング 124 フロートマイン - エンディング 125 マルチロックミサイル - エンディング 126 グラビティミサイル - エンディング 127 レッグスパイク - エンディング 128 シールドマトリクス - WAVE3-3 Sランク報酬 129 シールドリペア - エンディング 130 インターセプター - WAVE3-6 Sランク報酬 131 カウンター - エンディング 132 チョバム装甲 - エンディング 133 ハイパーコンデンサー - エンディング 134 強制冷却装置 - エンディング 135 怪獣 - WAVE1-3 Sランク報酬 136 隕石 - WAVE2-10 Sランク報酬 137 ワーカー - WAVE1-8 Sランク報酬 138 ジモラ - WAVE2-4 Sランク報酬 139 ツインテール - WAVE2-7 Sランク報酬 140 ドラムマイン - WAVE2-6 Sランク報酬 141 アプソス - WAVE1-7 Sランク報酬 142 ハンター - WAVE1-5 Sランク報酬 143 ドリルフライ - WAVE3-1 Sランク報酬 144 テラキャリア - WAVE2-8 Sランク報酬 145 モビルファク - WAVE1-10 Sランク報酬 146 ハイクアッド - WAVE2-1 Sランク報酬 147 グラディエーター - WAVE2-5 Sランク報酬 148 咲良高等学校 1 鞍部十郎「プロローグEND」 149 正門 1 冬坂五百里「プロローグEND」 150 新校舎 1 鞍部十郎 「イソウロウ」 151 食堂 1 鞍部十郎 「イソウロウ」 152 保健室 1 鞍部十郎「プロローグEND」 153 理科室 1 冬坂五百里 「時をかける五百里」 154 新校舎屋上 1 鷹宮由貴 「怪しいクスリ」または「赤眼鏡の女」 155 渡り廊下 1 如月兎美 「プロローグEND」 156 旧校舎 1 冬坂五百里「プロローグEND」 157 部室棟 1 南奈津乃「プロローグEND」 158 網口の部屋 - 網口愁「プロローグEND」 159 商店街 - 冬坂五百里 「カウントダウン」または「未来から来た同志」 160 駅のホーム - 緒方稔二 「プロローグEND」 161 土手 - 三浦慶太郎 「四十年後ノ日本」 162 公園 - 三浦慶太郎 「我々ハ何処カラ来タカ」 163 繁華街 - 冬坂五百里 「恋が走り出す」 164 オフィス街 - 網口愁「プロローグEND」 165 常坂神社 - 南奈津乃「プロローグEND」 166 工場裏 - 比治山隆俊「プロローグEND」 167 情報特務機構事務室 - 鷹宮由貴 「プロローグEND」 168 すみれ橋 - 鷹宮由貴 「意識だけの犯罪者」 169 研究所 - 網口愁 「ココロとカラダ」 170 UFO - 冬坂五百里 「カウントダウン」 171 居住区ドーム - 網口愁 「直径30kmの世界」 172 ユニバーサルコントロール - 如月兎美 「ユニバーサルコントロール」 173 衛星軌道上のコロニー - 三浦慶太郎 「プロローグEND」 174 軌道上の人工衛星 - 関ヶ原瑛 「ファニング・ショット」 175 如月の家 - 如月兎美 「友の涙」 176 壁の中 - 網口愁 「直径30kmの世界」 177 セクター - 三浦慶太郎 「遺言」 178 セクター0 - 関ヶ原瑛 「ファニング・ショット」 179 セクター1 - 三浦慶太郎 「遺言」 180 セクター2 - 三浦慶太郎 「遺言」 181 セクター3 - 三浦慶太郎 「遺言」 182 セクター4 - 三浦慶太郎 「遺言」 183 セクター5 - 三浦慶太郎 「遺言」 184 施設エリア - 関ヶ原瑛 「ファニング・ショット」 185 商店街の事件 1 鞍部十郎「プロローグEND」 186 銃撃戦の夢 1 鞍部十郎 「エイガ」 187 北校舎のボヤ騒ぎ 1 鷹宮由貴 「赤眼鏡の女」 188 2064年の怪獣の侵攻 1 東雲諒子 「プロローグEND」 189 2025年の怪獣の侵攻 1 薬師寺恵 「それでもやるのよ」 190 敷島の宇宙計画 1 如月兎美 「怪獣の正体」 191 悪夢 1 鞍部十郎 「アクム」 192 1940年代 - 三浦慶太郎 「プロローグEND」 193 1980年代 - 如月兎美 「プロローグEND」 194 2020年代 - 如月兎美 「プロローグEND」 195 2060年代 - 南奈津乃「プロローグEND」 196 2100年代 - 冬坂五百里 「未来から来た同志」 197 バンカラ 1 三浦慶太郎 「プロローグEND」 198 ちんくしゃ 1 如月兎美 「プロローグEND」 199 クラークの三法則 1 薬師寺恵 「わたしはウソツキ」 200 焼きそばパン - WAVE3-4 ミッション報酬 201 玉緒が作ったおはぎ - WAVE2-6 ミッション報酬 202 いつかの晩飯 - WAVE3-10 ミッション報酬 203 イチゴのクレープ - WAVE3-8 ミッション報酬 204 ソフトクリーム - WAVE2-8 ミッション報酬 205 ホットドッグ 1 冬坂五百里 「時をかける五百里」 206 肉まん 1 冬坂五百里 「時をかける五百里」 207 焼き鳥 - WAVE2-1 ミッション報酬 208 肉団子の弁当 - WAVE1-4 ミッション報酬 209 ハンバァグ - WAVE3-1 ミッション報酬 210 洋ナシのタルト - WAVE1-5 ミッション報酬 211 2025年のチョコレート - WAVE1-3 ミッション報酬 212 2025年の缶ジュース1 1 如月兎美 「友の涙」または「怪獣の正体」 213 2025年の缶ジュース2 1 如月兎美 「友の涙」または「怪獣の正体」 214 猫缶 - WAVE2-3 ミッション報酬 215 怪獣ダイモス - WAVE1-1 ミッション報酬 216 ダイモス（ゲーム） - 鞍部十郎 「クラベジュウロウ」 217 UFO特番 1 南奈津乃「プロローグEND」 218 EXT - WAVE3-6 ミッション報酬 219 宇宙戦争 1 南奈津乃「プロローグEND」 220 学生服 1 鷹宮由貴 「プロローグEND」 221 学生鞄 1 鷹宮由貴 「プロローグEND」 222 体育バッグ 1 南奈津乃「プロローグEND」 223 保健室の机の上の書類 1 鞍部十郎「プロローグEND」 224 二人分の箸 - WAVE2-7 ミッション報酬 225 渚のバカンス（歌） - WAVE2-10 ミッション報酬 226 冬坂の生徒手帳 - WAVE1-2 ミッション報酬 227 鍵 - 関ヶ原瑛「プロローグEND」 228 網口のバイク - WAVE1-9 ミッション報酬 229 関ヶ原のバイク - WAVE3-3 ミッション報酬 230 小学二年生(雑誌) 1 緒方稔二 「アクトー団の女」 231 アクトー団 1 緒方稔二 「アクトー団の女」 232 敷島重工業 1 如月兎美 「プロローグEND」 233 ほっぺの傷 1 南奈津乃 「デス・ドロイド」 234 縫イ包ミ - WAVE1-7 ミッション報酬 235 黒服の財布 1 関ヶ原瑛「プロローグEND」 236 数字のメモ 1 関ヶ原瑛「プロローグEND」 237 茶封筒 1 関ヶ原瑛「プロローグEND」 238 南のノート 1 鷹宮由貴 「搭乗者の紋」 239 如月のメガネ 1 鷹宮由貴 「赤眼鏡の女」 240 鞍部邸の間取り 1 三浦慶太郎 「存ルハズノナイ家」 241 鷹宮と南の写真 1 鷹宮由貴 「プロローグEND」 242 郷登の手帳 1 郷登蓮也 「プロローグEND」 243 郷登の写真 - WAVE3-2 ミッション報酬 244 日本史の教科書 1 三浦慶太郎 「四十年後ノ日本」 245 家の鍵 - WAVE3-7 ミッション報酬 246 井田のファイル - WAVE3-9 ミッション報酬 247 賃貸契約書 1 薬師寺恵 「あの日は戻らない」 248 沖野の手紙 - 比治山隆俊 「貴様を独りにするものか」 249 真相 0*6 エンディング
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